故事讲述未来30年后，仿真智能人在人类社会被广泛应用。人类为了自身安全，建立了东西方智能岛。一支由智能姬组成的神秘战队，为了维护人类安全和世界和平，一次次地打击异变智能人的犯罪行为和恐怖袭击。
已经迎来了宇宙开拓时代的人类，组成了为开采在宇宙行星的资源进行支援的战斗组织[ZAP SPACY] 。 『超级银河—大怪兽乱斗』正是以[ZAP SPACY]的宇宙运输船船员们而展开的故事。 他们更改了当初的航行计划，并驶向了宇宙的边境行星——波利斯。 正是因为来自波利斯的定期联络突然被中止。 而原因却不明…… 不久到达波利斯的4名队员，等待着他们的却是波利斯已被荒废的惨状。4人正准备调查此事时，面前出现了巨大的身影…… 那是以前在地球出现过，但是大部分人认定现在已经灭亡了的怪兽！！！ 就在同一时刻 出现了能够驾驭怪兽的青年——（レイ）零 他到底是什么人？ 想象一下！激烈程度达到顶点的战斗就要开始了──！
当马克被迫面对自己的过去和未来时，一切都发生了变化，同时他发现还需要走多远才能保护他所爱的人。
