已经迎来了宇宙开拓时代的人类，组成了为开采在宇宙行星的资源进行支援的战斗组织[ZAP SPACY] 。 『超级银河—大怪兽乱斗』正是以[ZAP SPACY]的宇宙运输船船员们而展开的故事。 他们更改了当初的航行计划，并驶向了宇宙的边境行星——波利斯。 正是因为来自波利斯的定期联络突然被中止。 而原因却不明…… 不久到达波利斯的4名队员，等待着他们的却是波利斯已被荒废的惨状。4人正准备调查此事时，面前出现了巨大的身影…… 那是以前在地球出现过，但是大部分人认定现在已经灭亡了的怪兽！！！ 就在同一时刻 出现了能够驾驭怪兽的青年——（レイ）零 他到底是什么人？ 想象一下！激烈程度达到顶点的战斗就要开始了──！
上古时期妖兽纵横，一位神秘道人分别授予了阴阳五行的特殊能力给金木水火土五个家族来抵抗妖兽。他们将妖兽驱赶到神隐雾山之中，设立结界。雾山之中另有强大灵力的麒麟兽常常吸引来那些想要提升妖力突破结界的妖兽们，因此自愿被封印于巨阙神盾之中。火行使者闻人翊悬为救其母私自打开了巨阙神盾，小麒麟趁机偷溜出来，妖兽界将掀起一股腥风血雨……
三年之约后，萧炎终于在迦南学院见到了薰儿，此后他广交挚友并成立磐门；为继续提升实力以三上云岚宗为父复仇，他以身犯险深入天焚炼气塔吞噬陨落心炎……
乡下剑术师范贝里尔·加德南特。 如今，他作为骑士团的特别指导官，同时担任孤儿的监护人，渐渐习惯了在首都的生活。 然而，周围的环境却不允许贝里尔安享太平—— 在钻研魔法的教育机构中。 在耸立着必须逾越的高墙的故乡。 在眺望国境的边境伯爵领。 在阴谋翻涌的异国他乡。 贝里尔将作为一名剑士，作为一个人，迎向那些无可回避的全新战斗——
