鲁邦一伙洗劫了黑帮的赌船，而鲁邦自己对船上的大堆现金好像并无兴趣，他其实另有所图…… 本作为鲁邦三世系列第十三部TVsp，于2001年8月3日播送

在那神话般的暑假结束后，群马县的山路赛车手们仍然陷于一片骚动的热潮当中。先是怪物般的ＡＥ８６连战连胜的神话，然后是来自京都的ＬＡＮＥＶＯ军队帝王队的挑战，闪电车队与夜婴车队都相继败在ＬＡＮＥＶＯ的车轮下，下一个目标将是谁呢？ 曾在碓冰山道与拓海比赛过，虽然输掉了“碓冰山道最快”的称号，但却得到了继续赛车的勇气的佐藤真子，正在为自己的感情而烦恼着。在好友沙雪的撮合下，一位来自妙义夜婴车队的成员对她展开了追求，然而对方却希望她放弃赛车……感情、或者是赛车，两者在真子心中孰轻孰重呢？

「超能力開發研究所」突然遭到無數不明生命體的攻擊，研究所已經完全被破壞殆盡。混亂中，原本在研究所中被實驗的超能力者小雷(10歲)與紗綾香(12歲)趁隙逃了出來。數月之後，不明生命體的政擊再度出現，這次的目標竟然是紗綾香，翔一聞訊之後立即變身為假面騎士顎門，與G3-X一同前住救援。突然間，G4出現了，他的出現讓眾人非常驚訝。因為在兩個月前，G4的藍圖被盜，它的力量強大，但是穿戴它的人往往受不了而致命，到底是誰偷走G4後又製造它？不明生命體的攻擊到底來自何方？假面騎士顎門，G3-X，G4與不明生命體之間的戰爭即將開打！！

在电影开始开篇，场景好像被设置在一片大森林中。在森林内, 一声强力的呼救被一个叫Yukinari的男孩听到了。Yukinari是一个在残酷社会中比较天真的男孩，但这次经历对他来说是可能使他终身受益。 当他进入森林的时候,他遇见一个叫Mika的少女。Mika大概是森林的监护人, 而且与 Celebi（雪拉比）很要好。一些伐木工人给这里带来了麻烦，Yukinari将帮助Mika摆脱这些伐木者。这时Mika向Yukinari解释了森林现在存在的危险，以及他们必须在有限的时间内寻找她所需要的某个答案。突然，雪比拉出现了，将他们带入了40年后的时代。 在那里，他们遇见了我们的英雄（主角）Ash，Misty和Brock。而且，好像Ash和Yukinari还有某种血缘关系。与此同时，火箭队的成员之一Bisashu也在积极的寻找着雪比拉。这个男人带着一个金属头盔站在...

元军攻打日本之际，中国大陆的妖怪为了得到死者魂魄亦东渡日本。在这里，他们遭遇了犬夜叉的父亲斗牙王。经过一番艰苦鏖战，大陆妖怪最终被封印在斗牙王的牙齿中。 时间回到战国时代，四魂之玉的一枚碎片飞到不归之森，唤醒了大陆妖怪首领之子玛瑙丸。为了解开被斗牙王牙齿所封印的力量，玛瑙丸派随从琉璃、玻璃将犬夜叉一行人引到不归之森，并诱使犬夜叉用铁碎牙斩断结界。结界消失，被封印上百年的力量开始复活，玛瑙丸变得愈加强大。与此同时，玻璃和琉璃分别夺去了珊瑚的云母和法师的风穴，使犬夜叉一方陷入苦战；另一方面，戈薇的意识被玛瑙丸控制，她迫不得已用箭再次将犬夜叉封印，之后更被桔梗推入枯井，穿越时空回到了现代……