故事以前作《科学小飞侠Crowds》的后续剧情展开。距离“立川事件”已经过了一年，当初贝尔库·卡切赋予尔乃美家累的力量“CROWDS”在日本首相菅山的推广之下已在人类社会当中广泛普及。然而仍然存在着对此感到不满的人们，此时菅山遭到不明人士的袭击，GATCHAMAN的全新战斗就此揭开序幕。
故事发生在一个名为霞之村落的村庄之中，在这里，伫立着专门培养女忍者的忍者学校私立志能备学园。万里小路隼人（远近孝一 配音）是一名平凡的二十四岁青年男性，因为背负了两百万日元的巨额债务，隼人逃到了村中，成为了学校里的老师，可是隼人并不知道这是一间如此特殊的学校。 和隼人一起来到学校的还有名为日向向日葵（松本华奈 配音）的女孩，向日葵很小的时候遭遇了一场空难，所幸得到了一名忍者的救助才幸免于难，从此，向日葵便立志也要成为一名忍者，因此来到了能备学园之中，只是，在这里学习的女孩们都是从小时候起便开始接受忍者训练的高手，而从小过着普通生活的向日葵在这里真的没问题吗？
年仅七岁却超速生长的短命神童时江，为恢复正常生活，带着寄宿体内的某位大神仙闯入仙界，从此在异世中和神仙们斗智斗勇，走上成为仙界大亨的传奇之路！
21世纪，原本能量稳定的人、神、妖三界由于人类社会的飞速发展而失去平衡，神、妖两界紧急启动救世计划，决定派出一批神仙、妖怪来到人界寻找救世方案。苏莫婷是一个带着“神妖之子”身份的社畜女青年，在被父母以“独立自强”为理由请出家门后，遇到了同样流落人间的二货帅气小萌神——天机星以及神秘沉稳酷猫妖——地魁。在土地的主导下，三人结成救世组合，开始上演搞笑而又扎心的无厘头日常。
终极科学博物馆组织的竞赛中，席德等四位同学因为竞赛获奖，率先去新建的科学馆参观。游览快结束时，新型机器人小罗遭电击变得疯狂，致使博物馆大乱。孩子们团结合作，终于力挽狂澜。
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